厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統則讓污水的毒性大大降低至安全值以下。傳染病醫療機構和結核病醫療機構污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫療機構污水排放執行排標準時，醫療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝），執行預處理標準時宜采用處理或強化處理+消毒工乙。

曝氣機是通過散氣葉輪，將“微氣泡”直接注入未經處理的污水中，在混凝劑和絮凝劑的共同作用下，懸浮物發生物理絮凝和化學絮凝，從而形成大的懸浮物絮團，在氣泡群的浮升作用下“絮團”浮上液面形成浮渣，利用刮渣機從水中分離；不需要清理噴嘴，不會發生阻塞現象。本設備整體性好，安裝方便，節省運行費用與占地面。

微濾機是一種轉鼓式篩網過濾裝置。被處理的廢水沿軸向進入鼓內，以徑向輻射狀經篩網流出，水中雜質（細小的懸浮物、纖維、紙漿等）即被截留于鼓筒上濾網內面。當截留在濾網上的雜質被轉鼓帶到上部時，被壓力沖洗水反沖到排渣槽內流出。運行時，轉鼓2/5的直徑部分露出水面，轉數為1-4r/min，濾網過濾速度可采用30-120m/h，沖洗水壓力0.5-1.5kg/cm2，沖洗水量為生產水量的0.5-1.0%，用于水庫水處理時，除藻效率達40-70%，除浮游生物效率達97-。微濾機占地面積小，生產能力大（250-36000m3/d），操作管理方便，已成功地應用于給水及廢水處理。
對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。醫院污水經化糞池進入調節池，調節池前部設置自動格柵，調節池內設提升水泵。污水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。
二級處理工藝流程(非傳染病和傳染病污水) ：傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統。
物理處理法： 通過物理作用分離、回收廢水中不溶解的懸浮狀態污染物(包括油膜和油珠)的方法，可分為重力分離法、離心分離法和篩濾截留法等。屬于重力分離法的處理單元有沉淀、上浮(氣浮)等，相應使用的處理設備是沉砂池、沉淀池、隔油池、氣浮池及其附屬裝置等。離心分離法本身就是一種處理單元，使用的處理裝置有離心分離機和水旋分離器等。篩濾截留法有柵篩截留和過濾兩種處理單元，前者使用的處理設備是格柵、篩網，而后者使用的是砂濾池和微孔濾機等。以熱交換原理為基礎的處理方法也屬于物理處理法，其處理單元有蒸發、結晶等。