污水處理工藝就是對城市生活污水和工業廢水的各種經濟、合理、科學、行之有效的工藝方法。污水處理被廣泛應用于建筑、農業,交通、能源、石化、環保、城市景觀、醫療、餐飲等各個領域。城市污水處理工藝應根據處理規模、水質特性、受納水體的環境功能及當地的實際情況和要求，經全面技術經濟比較后優選確定。

污水經格柵進入調節池后經提升泵進入生物反應器，通過PLC控制器開啟曝氣機充氧，生物反應器出水經循環泵進入膜分離處理單元，濃水返回調節池，膜分離的水經過快速混合法氯化消毒（次氯酸鈉、漂白粉、氯片）后，進入中水貯水池。反沖洗泵利用清洗池中處理水對膜處理設備進行反沖洗，反沖污水返回調節池。通過生物反應器內的水位控制提升泵的啟閉。膜單元的過濾操作與反沖洗操作可自動或手動控制。當膜單元需要化學清洗操作時，關閉進水閥和污水循環閥，打開藥洗閥和藥劑循環閥，啟動藥液循環泵，進行化學清洗操作。

根據醫院污水的排向和處理要求確定醫院污水處理的級別。如醫院污水是排入城市下水道，則根據《污水排入城市下水道的水質標準》和《醫院污水排放標準》要求，可采用處理消毒的工藝流程。如污水是直接排入地面水體，則應按《污水綜合排放標準》要求進行處理，通常需要用二級處理消毒工藝。如有特殊要求時，甚至需要采用三級處理工藝，如在水源二級保護區以外的地面水三級水域或污水回用時。

醫院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。
新標準對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態環境安全。在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫院污水提出不同要求。新標準嚴格區分醫院性質，同時根據污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不同性質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。在理化指標方面，對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。
醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能(高溫堆肥)，有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理(見污泥焚燒)。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。