根瘤菌（英文：Rhizobia [4] ）,是能與豆科植物共生形成根瘤，并將空氣中的氮還原成氨供植物營養的一類革蘭氏陰性菌 [4] 。
主根瘤菌剛剛進入豆科植物根部的時候，并不能固氮，只能發展到擬菌體階段，才能進行固氮作用。
在根瘤內，根瘤菌從豆科植物根的皮層細胞中吸取碳水化合物、礦質鹽類及水分。以進行生長和繁殖。同時它們又把空氣中游離的氮通過固氮作用固定下來，轉變為植物所能利用的含氮化合物，供植物生活所需。這樣，根瘤菌與根便構成了互相依賴的共生關系。
慢生根瘤菌在培養基上需要6~8天才能明顯地生長并產生堿性反應，大豆和豇豆根瘤菌生長緩慢。實驗室培養的根瘤菌在顯微鏡下呈短桿狀。像大多數生物一樣，它們需要空氣（O2）的供應才能生存，可以通過一種叫作鞭毛的特殊絲狀結構移動。
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