由于無機物離子的直徑都很小（0.3～0.7nm），用普通的凝膠型樹脂是完全可以除去；但當水中有有機物分子存在時，由于其分子很大（膠硅化合物的粒徑可大于50nm，某些蛋白質分子為5～20nm），用普通凝膠樹脂除去它們則有困難。而且再生時，這些被吸附的有機物也不易被再生下來，所以凝膠型樹脂易于被有機物所污染。
用普通合成法制成的離子交換樹脂，由許多不規則的網狀高分子組成，類似凝膠，所以稱其為凝膠型樹脂，如津南化工廠生產的001×7、201×7等都屬于凝膠型樹脂。凝膠型樹脂在水中會發生溶脹，體積變大，這種溶脹會使樹脂的機械強度降低；同時，當凝膠型樹脂在不同離子型態時，膨脹率也會發生變化。這樣就會因為樹脂的反復膨脹、收縮而使樹脂顆粒易于破碎。
當樹脂再生過程中，一旦使用了質量不好的工業鹽酸或副產品鹽酸，其就會對樹脂造成損害，游離氯的含量應小于0.1mg/L。防止樹脂被氧化的方法活性炭過濾。因為活性炭具有能夠除去水中游離氯的原理，經過一系列化學反應，當活性炭表面吸附的氯已經達到一定值時就會發生很多反應。
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