若考慮碳捕集成本（如CCUS技術），則甲醇制氫的總成本將進一步增加。CCUS碳捕集成本為375元/噸二氧化碳，而制備1千克氫氣對應約11.675千克二氧化碳排放，因此增加的成本約為4.38元/千克。在考慮碳捕集成本后，甲醇制氫的成本變化區間可能為21.37至37.61元/千克（具體取決于甲醇價格和其他成本因素）。
藍氫”是在灰氫的基礎上，將CO2副產品捕獲、利用和封存（CCUS），以減少生產過程中的碳排放，實現低碳制氫。綠氫”是通過可再生能源（如風電、水電、太陽能）制氫、生物質制氫等方法制得的氫氣，生產過程基本不會產生二氧化碳等溫室氣體，了綠氫的生產過程零排放。
這個過程需要消耗大量的電能，因此提高能源轉換效率是電解水制氫技術的主要攻關方向之一。此外，還有通過甲醇重整或甲醇蒸汽重整等工藝將液態甲醇轉化為高純度氫氣的甲醇制氫技術，其工作原理是利用化學反應將甲醇轉化為氫氣。
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