一元過氧乙酸殺菌主要依靠自身強大的氧化能力，通過氧化作用使酶失去活性，導致微生物死亡。此外，過氧化氫和乙酸協同作用，可改變細胞內的酸堿度從而損傷微生物。
醫療器械消毒、滅菌
一元過氧乙酸可用于內鏡自動清洗消毒機和手工方式對內鏡進行高水平消毒和滅菌。也可適用于不耐熱醫療器械的高水平消毒和滅菌。
本品有一定腐蝕性，可能會造成皮膚短暫變白，使用時請佩戴橡膠手套，避免接觸眼睛和皮膚。若不慎接觸，應立即用大量清水沖洗，如有不適，請立即就醫。
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