由于冰河運動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質軟組織（包括耳朵、內臟器官）演變為化石的可能性微乎其微，在自然環境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實體肉化石，因存世量少收藏價值。學者黃錦祥發現的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實有“肉化石”存在，是人類自然科學史上的一次重大發現。 [1-2]
在漫長的地質年代里，地球上曾經生活過無數的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時遺留下來的痕跡，許多被當時的泥沙掩埋起來。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質分解殆（dài）盡，堅硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周圍的沉積物一起經過石化變成了石頭，但是它們原來的形態、結構（甚至一些細微的內部構造）依然保留著。同樣，那些生物生活時留下來的痕跡也可以這樣保留下來。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱為化石，化石一般少都要經過上億年才能形成。
煤系地層是生存于古生代時的植物的化石的主要來源。煤炭礦是采集化石好的場所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結構細節很少會留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發現鱗木的樹干。
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