產品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數倍，在成本上沒有競爭優勢。雖然航空公司也會購買一定數量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產還將產生外部間接成本。
歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產油率高（30%–45%），化肥、農藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產業鏈都扭虧為盈。
20世紀70年代，美國能源部為了發展可持續能源，對微藻進行了大規模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據估計，藻類的年產油量可達到每公頃養殖面積15000至80000升。
所屬分類：特殊/專業能源/燃料/節能燃料
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