生產蛋白飼料的關鍵是篩選和培養具有優良特性的菌種，理想的微生物菌種應具備下列條件：
（1）安全性好，活性強；
（2）能夠利用多糖的混合物；
（3）能較好地同化基質碳源和無機氮源；
（4）能夠深入到物料中，也能穿入基質細胞內；
（5）生長迅速，抗雜菌能力強，染菌概率?。?br />
（6）可以在含水量低的基質中生長；
（7）能夠耐受高濃度的營養鹽；
（8）菌體本身蛋白質含量較高。通常采用的菌種為真菌、酵母菌和霉菌，如釀酒酵母、產朊假絲酵母、熱帶假絲酵母、米曲霉、黑曲霉、白地霉等。
現代微生物發酵多為純種發酵，即用純的單一菌落進行發酵，但是，在長期的實驗和生產實踐中，人們不斷的發現許多重要生化過程是單株微生物不能完成或只能微弱地進行的，依靠兩種或多種微生物共同培養來完成，即混合發酵。合的多種菌種，增加了發酵中許多基因的功能，通過不同代謝能力的組合，完成單個菌種難以完成的復雜代謝作用。如霉菌和酵母菌的混合培養，霉菌可分解纖維素和淀粉，而酵母菌主要利用糖原，菌群的協同作用提高了對底物的利用效率及產品的蛋白質含量和營養功能，達到了更好的發酵效果。
在傳統的飼養過程中，當般豬只的飼料利用率約為65%～70%，吃的越多，浪費越大。尤其是蛋白質飼料。因此，養殖戶在無法左右飼料價格的情況下，提高飼料利用率、減少損耗。而利用微生物發酵飼料喂養，可比常規飼料喂養節約15%的成本。
微生物發酵飼料中營養成分高，提高了養分利用率，適口性好。含有多種有益微生物，如霉菌、酵母菌及細菌的一些類群，可補充有益菌，調節動物的微生態平衡，增強了豬只的力，使豬只健康程度提高，減少了用藥成本，消除排泄物臭味等方面。解決抗生素殘留和環境污染等問題，還能調整農業產業結構，實現能源綜合利用，促進農業的可持續發展。
我國飼料資源短缺，尤其是蛋白飼料嚴重缺乏，根據蛋白質飼料來源不同可分為植物性蛋白飼料、動物性蛋白飼料、單細胞蛋白飼料和非蛋白氮飼料，植物性蛋白飼料原料以豆粕、棉籽粕、菜籽粕、花生粕、苜蓿、玉米加工的副產品玉米蛋白粉等草本飼料為主，動物性蛋白飼料原料有魚粉、肉骨粉、羽毛粉等，單細胞蛋白飼料是由單細胞生物個體組成的蛋白質含量較高的飼料，如酵母菌飼料和單細胞藻類飼料，非蛋白氮飼料一般指飼料用尿素等。
玉米蛋白粉含有豐富的葉黃素，其含量高達90-180mg/kg，是黃玉米的5倍以上，能有效地被雞群吸收，使雞群皮膚呈黃色，蛋黃顏色加深，可相應減少飼料中外源色素的添加量。但是玉米蛋白粉中的色素成分容易氧化而消失，其影響因素主要包括溫度、季節、儲存條件和時間、生產方式及玉米原料等，因此使用時應注意縮短貯藏期和控制貯藏中色素含量的變化。
隨著集約化養殖業的迅猛發展，單純依靠魚粉難以滿足水產養殖業發展的需求，用其他動植物蛋白源部分或完全替代魚粉已成為目前亟待解決的問題。在之下，動物性蛋白的價格漲幅超過植物性蛋白，因此植物性蛋白替代魚粉在水產當中擔負著更為重要的使命。
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