冷藏集裝箱在制冷過程中經常會出現一些故障，導致這些故障的原因很多。常見的幾種故障及判定方法如下：
1、打開電源開關，如果制冷系統不工作，先應檢查電源轉換開關是否在你選擇的電壓上，電源插座是否插好，保險絲是否損壞；
2、打開電源開關，制冷機各系統工作，但是不制冷。這種情況下一般是沒有制冷劑了；
3、開機后，制冷機工作幾分鐘自動停機，幾分鐘之后又自動開機，這種情況下多是缺少制冷劑。如果開機后20分鐘以后，通過制冷劑顯示鏡可見氣泡，即屬于缺少制冷劑。如果，夏天出現自動停機情況，若不是缺少制冷劑，那么是冷凝器灰塵太多，或者是由于制冷劑過多造成的。
4、制冷機正在工作，電腦不能儲存實際溫度，一般是制冷機的溫度感應器或電腦系統壞了。
5、冷凍集裝箱各系統工作正常，制冷狀況也正常，但是，反映在溫度記錄紙表盤上的溫度波動范圍太大。原因可能是：通氣口沒關閉、冷藏集裝箱門沒有關嚴、或者是冷藏集裝箱局部破損，導致箱內冷氣泄漏。
6、一般來說，冷藏箱的融霜周期是在制冷前設定的，在制冷過程中融霜的規律性很強。如果在執行融霜的時候出現持續融霜時間過長，則表明融霜控制開關壞了。如果融霜在制冷機工作期間終止，則表明加熱器壞了。
7、冷藏集裝箱正運行的時候，如果發現設定的溫度與人工在箱內實測溫度相同，而冷藏箱溫度記錄表盤顯示的溫度與前者相差過大，這表明溫度感溫探頭壞了。
冷藏集裝箱是一種能保持設定溫度的保溫容器，主要運輸冷凍食品。它是為運輸魚、肉、新鮮水果和蔬菜等食物而設計的。目前，國際上使用的冷藏集裝箱基本上有兩種：一種是機械冷藏集裝箱，集裝箱內裝有冰箱；另一種容器沒有冰箱，只有隔熱結構，即在容器的端壁上有進氣口和孔。箱體安裝在機艙內，冷風由船舶制冷裝置提供。這種集裝箱稱為離合器式冷藏集裝箱（也稱為外部或夾緊式冷藏集裝箱）。
通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。然而，其它商品比如冷藏肉/魚類和奶酪則并非如此。水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，注意確保這類貨物以佳狀態交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態。一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應當注意大多數冷凍裝置僅能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數量。人工氣調儲藏運輸的貨物需要使用能夠利用氮和二氧化碳替代氧氣水平的用途的集裝箱，來延長已采摘的產品的保質期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。
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