申請
申請者向中心（分中心）提出正式申請，填寫申請表和交納申請費。申請者填寫有機食品認證申請書，領取檢查合同、有機食品認證調查表、有機食品認證的基本要求、有機認證書面資料清單、申請者承諾書等文件。申請者按《有機食品認證技術準則》要求建立：質量管理體系；生產過程控制體系；追蹤體系。
認證中心核定費用預算并制定初步的檢查計劃
認證中心根據申請者提供的項目情況，估算檢查時間，一般需要2次檢查：生產過程一次、加工一次，并據此估算認證費用和制定初步檢查計劃。
簽訂認證檢查合同
l 申請者與認證中心簽訂認證檢查合同，一式三份；
l 交納估算認證費用的50%；
l 填寫有關情況調查表并準備相關材料；
l 內部檢查員（生產、加工各至少1人）；
l 所有材料均使用文件、電子文檔各一份，寄或E-mail給分中心。
初審
l 分中心對申請者材料進行初審；
l 對申請者進行綜合審查；
l 分中心將初審意見反饋認證中心；
l 分中心將申請者提交的電子文檔E-mail至認證中心。
寫檢查報告
l 檢查員完成檢查后，按認證中心要求編寫檢查報告；
l 該報告在檢查完成2周內將文檔、電子文本交認證中心；
l 分中心將申請者文本資料交認證中心。
保持認證
| 有機食品認證證書有效期為1年，在新的年度里，COFCC會向獲證企業發出《保持認證通知》。
| 獲證企業在收到《保持認證通知》后，應按照要求提交認證材料、與聯系人溝通確定實地檢查時間并及時繳納相關費用。
| 保持認證的文件審核、實地檢查、綜合評審、頒證決定的程序同初次認證。
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