缺點：產品氣中氫含量受限制：在某些制氫途徑中，由于通入空氣氧化時氮氣的含量降低了混合氣中氫氣的含量。催化劑失活問題：在生產過程中，受活性相燒結和中毒等影響，催化劑會逐漸失活，需要定期更換。
若甲醇價格為2500元/噸，對應每千克氫氣生產需要甲醇成本則為16.24元（假設每立方米氫氣所需甲醇為0.58千克，且考慮其他因素時成本會有所上升）。能耗成本：甲醇制氫過程中需要外部供熱維持反應溫度，因此能耗成本也是總成本的重要組成部分，通常占總成本的20%至30%。
裝置簡單，便于操作甲醇制氫裝置結構簡單，投資規模和占地面積較小。例如，甲醇制氫加氫一體站采用撬塊化建站模式，場地利用率高，主體裝置占地小。同時，反應條件溫和，過程控制簡單，便于工業操作。
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