劣勢存在碳排放問題：如果甲醇來自煤炭或天然氣等化石能源，在甲醇生產和制氫過程中會有二氧化碳等溫室氣體排放，從全生命周期來看，其碳排放強度水電解制氫等可再生能源制氫方式，不符合嚴格的低碳或零碳要求。
產品純度受限：一般情況下，甲醇制氫得到的氫氣純度在 99% 左右，雖然能滿足一些常規工業需求，但對于對氫氣純度要求的領域，如電子芯片制造等應用，可能需要進一步的提純處理，這會增加成本和工藝復雜性。相比之下，水電解制氫可以直接獲得高純度的氫氣。
降低甲醇制氫的運營維護成本可從優化設備管理、提升人員效率、合理選擇原料及加強安全管理等多方面入手，具體措施如下設備管理方面選擇設備和催化劑：采購質量可靠、性能穩定的甲醇制氫設備和、耐用的催化劑，雖然初期投資可能較高，但可減少設備故障和催化劑更換頻率，長期來看能降低維護成本。
