盡管甲醇制氫技術具備諸多優勢，但在實際應用中，仍面臨著催化劑性能、能量效率以及安全環保等方面的挑戰。在催化劑性能方面，目前廣泛使用的銅基催化劑雖然在甲醇水蒸氣重整制氫反應中表現出較好的活性和選擇性，但仍存在一些問題。
此外，催化劑的活性和選擇性在不同的反應條件下波動較大，難以在寬范圍的操作條件下保持穩定的性能。當反應溫度、壓力或原料組成發生變化時，催化劑的性能可能會受到顯著影響，導致甲醇轉化率和氫氣選擇性下降。
甲醇是一種有毒、易燃的化學品，在儲存、運輸和使用過程中存在一定的安全風險。如果發生泄漏，甲醇可能會對人體造成中毒危害，同時也容易引發火災和爆炸事故。在甲醇制氫裝置的運行過程中，需要嚴格控制甲醇的泄漏，并采取有效的安全措施，如設置泄漏檢測報警裝置、配備消防設備等。
