該反應相對簡單，但由于產物中一氧化碳含量較高，而一氧化碳會對后續的氫氣應用，如燃料電池的使用產生不利影響，因此通常需要對產物進行進一步的處理，如通過一氧化碳變換反應將一氧化碳轉化為二氧化碳和氫氣，以提高氫氣的純度和質量 。


傳統的高壓氣態儲氫需要將氫氣壓縮至的壓力（通常為 35MPa 或 70MPa），這不僅需要昂貴的壓縮設備和高壓儲存容器，而且存在較大的安全風險 。液氫儲存雖然能量密度高，但需要將氫氣冷卻至 - 253℃的低溫，能耗，儲存和運輸成本高昂，且對儲存設備的絕熱性能要求。


相比之下，甲醇在常溫常壓下為液體，其密度約為 0.79g/cm3 ，便于儲存和運輸。它可以利用現有的液體燃料儲存和運輸基礎設施，如油罐車、管道等，大大降低了儲存和運輸成本。

例如，銅基催化劑的抗中毒能力較弱，對原料中的硫、氯等雜質較為敏感。當原料中含有微量的硫、氯時，這些雜質會吸附在催化劑的活性中心上，導致催化劑活性下降，甚至失活，從而影響甲醇制氫裝置的穩定運行 。即使在正常操作條件下，銅基催化劑的使用壽命也相對較短，一般為 1 - 3 年，這就需要頻繁更換催化劑，增加了生產成本和維護工作量。

能量效率是甲醇制氫技術面臨的另一大挑戰。甲醇水蒸氣重整制氫是吸熱反應，需要外界提供大量的熱量來維持反應的進行。在傳統的甲醇制氫工藝中，通常采用燃燒化石燃料來提供熱量，這不僅增加了能源消耗和生產成本，還會產生一定量的二氧化碳排放，降低了整個制氫過程的能源效率和環境友好性 。


在反應過程中，還存在著熱量傳遞和利用效率不高的問題。由于反應器內的溫度分布不均勻，導致部分反應區域的溫度過高或過低，影響了反應的進行和能量的有效利用。同時，反應后的產物氣中含有大量的余熱，若不能有效地回收利用，也會造成能量的浪費。甲醇制氫過程中的安全環保問題也不容忽視。