煤制氫過程中還會產生大量的粉塵，這些粉塵不僅會影響空氣質量，還可能對人體健康造成危害。而甲醇制氫過程中，由于甲醇相對純凈，在制氫過程中幾乎不產生 SO?、氮氧化物和粉塵等污染物。

甲醇制氫過程中產生的主要副產物是二氧化碳，相較于其他污染物，二氧化碳的環境影響相對較小，且更容易進行捕集和利用。若采用可再生能源合成的甲醇作為原料，整個甲醇制氫過程可以實現近乎物排放，對環境的友好性進一步提高 。

加強對甲醇生產過程的節能減排技術研究，優化生產工藝，降低甲醇生產過程中的碳排放。對于甲醇制氫過程中產生的二氧化碳，積極開展碳捕集、利用與封存（CCUS）技術的研究和應用，將二氧化碳轉化為有價值的產品或進行封存，減少其對大氣環境的影響 。

在經濟成本方面，天然氣制氫的原料成本受天然氣價格波動影響較大。以某地區為例，若天然氣價格為 3.5 元 /m3 ，生產 1 標準立方米氫氣，天然氣制氫消耗原料天然氣約 0.5m3 ，燃料天然氣約 0.1m3 ，則原料成本約為 2.1 元 。

若電價為 0.6 元 /kWh ，每生產 1 標準立方米氫氣消耗電量約 5 - 6kWh ，則電費成本約為 3 - 3.6 元 ，再加上設備投資、運行維護等成本，其總成本較高。而甲醇制氫的綜合成本相對較低。


但目前可再生能源發電受自然條件限制，穩定性較差，且電解水制氫設備成本高，導致其大規模應用受到一定制約。而甲醇制氫雖然存在碳排放，但技術相對成熟，供應穩定性較好，在現階段更具應用優勢。