化石可以根據其保存特點分為以下幾類：
?實體化石?：如?恐龍骨骼化石。
?模鑄化石?：生物遺體留下的印模。
?遺跡化石?：如?恐龍腳印、?糞便等。
?分子化石?：保存下來的生物分子。

化石是一個漢語詞匯，拼音是huà shí。主要有三種意思：
一指地殼中保存的屬于古地質年代的動物或植物的遺體、遺物或遺跡；二指變化為石；三指煉丹。

保存于地層中的古生物遺體、遺物或遺跡，埋藏在地下，經過自然界的作用，變化而成的保留原物體、遺跡形狀、結構或印模的鈣化、碳化、硅化、礦化的東西。研究化石可了解生物的發展情況，并能據以確定地層的年代。艾青《魚化石》詩：“凝視著一片化石，傻瓜也得到教訓：離開了運動，就沒有生命。

《山海經》也有“石魚”（即魚化石）的記述；南朝齊梁時期陶弘景有對琥珀中古昆蟲的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚化石的起源，已有了正確認識。迄今，發現早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。

通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


松柏和開花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹和棕櫚樹等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區，且常在酸性及沙漠地區中所發現，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質被二氧化硅取代），且生殖組織常會被保存在良好的狀態。此類的樣本有些會使用寶石雕琢的裝置來切割及磨光。石化木的石化林已在每個大陸中被發現。