該反應相對簡單，但由于產物中一氧化碳含量較高，而一氧化碳會對后續的氫氣應用，如燃料電池的使用產生不利影響，因此通常需要對產物進行進一步的處理，如通過一氧化碳變換反應將一氧化碳轉化為二氧化碳和氫氣，以提高氫氣的純度和質量 。


同時，甲醇的蒸汽壓較低，揮發性相對較小，安全性較高，減少了運輸過程中的安全隱患。環保性上，甲醇制氫過程相對清潔。以甲醇水蒸氣重整制氫為例，其主要產物為氫氣和二氧化碳，相較于傳統的化石燃料制氫方法，如煤炭氣化制氫，在煤炭氣化過程中，除了產生氫氣和二氧化碳外，還會產生大量的一氧化碳、硫化氫、粉塵等污染物，對環境造成嚴重危害。

此外，甲醇制氫過程中不產生氮氧化物、硫化物等有害氣體，減少了對大氣環境的污染，有助于改善空氣質量。從成本角度分析，甲醇制氫具有一定的成本優勢。在原料成本方面，甲醇的生產技術成熟，來源廣泛，價格相對穩定。

能量效率是甲醇制氫技術面臨的另一大挑戰。甲醇水蒸氣重整制氫是吸熱反應，需要外界提供大量的熱量來維持反應的進行。在傳統的甲醇制氫工藝中，通常采用燃燒化石燃料來提供熱量，這不僅增加了能源消耗和生產成本，還會產生一定量的二氧化碳排放，降低了整個制氫過程的能源效率和環境友好性 。


在反應過程中，還存在著熱量傳遞和利用效率不高的問題。由于反應器內的溫度分布不均勻，導致部分反應區域的溫度過高或過低，影響了反應的進行和能量的有效利用。同時，反應后的產物氣中含有大量的余熱，若不能有效地回收利用，也會造成能量的浪費。甲醇制氫過程中的安全環保問題也不容忽視。

此外，甲醇制氫過程中會產生一定量的二氧化碳排放，雖然相較于傳統的化石燃料制氫方法，其二氧化碳排放量相對較低，但在全球對碳排放要求日益嚴格的背景下，如何進一步降低甲醇制氫過程中的碳排放，實現低碳甚至零碳制氫，也是該技術面臨的重要挑戰之一 。