由于冰河運動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質軟組織（包括耳朵、內臟器官）演變為化石的可能性微乎其微，在自然環境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實體肉化石，因存世量少收藏價值。學者黃錦祥發現的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實有“肉化石”存在，是人類自然科學史上的一次重大發現。 [1-2]

保存于地層中的古生物遺體、遺物或遺跡，埋藏在地下，經過自然界的作用，變化而成的保留原物體、遺跡形狀、結構或印模的鈣化、碳化、硅化、礦化的東西。研究化石可了解生物的發展情況，并能據以確定地層的年代。艾青《魚化石》詩：“凝視著一片化石，傻瓜也得到教訓：離開了運動，就沒有生命。

植物的化石包括根、木、葉、種子、果實、花粉、孢子、植石和琥珀?；懮现参?br /> 在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內的地層都有被發現到?；ǚ?、孢子和藻類（溝鞭藻門和疑源類）被用來界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區之內，都可以有大量的發現。

早可以被明確歸類于植物界的化石是在寒武紀時的綠藻化石。這些化石像是絨枝藻目鈣化了的多細胞成員。更早的前寒武紀化石中有發現像是單細胞綠藻的化石，但依然不確定是何種藻類。


松柏和開花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹和棕櫚樹等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區，且常在酸性及沙漠地區中所發現，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質被二氧化硅取代），且生殖組織常會被保存在良好的狀態。此類的樣本有些會使用寶石雕琢的裝置來切割及磨光。石化木的石化林已在每個大陸中被發現。


舌羊齒屬等種子蕨的化石廣泛分布在南半球的數個大陸中，此一事實支持了阿爾弗雷德·魏格納所提出的大陸漂移學說。