生物燃料的發展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個領域得到應用，但目前還沒有成為國際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來源不穩定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來源不穩定。

全球每年產生大量廚房廢油，但由于來源分散，回收難度加大。據統計，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季節影響，難以維持可持續供應。糧食原料存在著“人爭糧”、“人爭地”的問題?，F有油料作物不符合生長周期短、含油量高的特點。

打破生物燃料現狀的途徑作為一種新興的能源生物燃料，現階段完全取代航空煤油是不現實的。歸根結底，使用哪種燃料取決于成本。因此，在技術不斷突破的前提下，如何建立完善的產業，大規模降低成本，是生物燃料發展的關鍵。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產油率高（30%–45%），化肥、農藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產業鏈都扭虧為盈。

為什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基礎。地球上每分鐘大約有300萬噸二氧化碳和110萬噸水可以通過光合作用轉化為200萬噸有機物，同時可以釋放210萬噸氧氣。

然而，目前微藻生物柴油的生產成本仍然很高，這是制約其商業化生產的瓶頸。除了繼續開發具有優良產油性能的藻類外，還實現微藻生產的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產品，如DHA、類胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘渣用作水產養殖的誘餌。