進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產生了直接影響。生產工藝不成熟。現有成熟工藝存在著燃料穩定性不夠或潤滑性差等缺點。

產品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數倍，在成本上沒有競爭優勢。雖然航空公司也會購買一定數量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產還將產生外部間接成本。

即所有轉化過程將不可避免地導致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應盡量不占用耕地和居民點用地，應采用能適應惡劣環境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環境的生物質。完善廚余油回收系統，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產油率高（30%–45%），化肥、農藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產業鏈都扭虧為盈。

因為它是一種植物油燃料，不含甲醇，所以對甲醇。此外，植物油燃料是一種安全性很好的液體燃料。植物油燃料可通過管道運輸或儲存在普通塑料桶中，不會發生爆炸。使用時，植物油燃料燃燒無殘渣、黑煙和積碳。