生物燃料的發展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個領域得到應用，但目前還沒有成為國際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來源不穩定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來源不穩定。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產油率高（30%–45%），化肥、農藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產業鏈都扭虧為盈。

2012年航空公司的累計碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實施初期，航空公司可以免費獲得一定比例的免費排放配額，但免費配額逐年減少，非免費配額需要通過有償拍賣獲得。