產品純度受限：一般情況下，甲醇制氫得到的氫氣純度在 99% 左右，雖然能滿足一些常規工業需求，但對于對氫氣純度要求的領域，如電子芯片制造等應用，可能需要進一步的提純處理，這會增加成本和工藝復雜性。相比之下，水電解制氫可以直接獲得高純度的氫氣。


運營維護成本高：甲醇制氫裝置的運行需要技術人員進行操作和維護，人員培訓成本高。此外，設備的定期檢修、催化劑更換等也會增加運營維護成本。環境層面碳排放問題：若甲醇來自煤炭或天然氣等化石能源，從甲醇生產到制氫的整個過程會產生大量二氧化碳排放，在全球應對氣候變化、推動能源轉型的背景下，其碳排放問題使其在清潔能源應用場景中的推廣受到限制。


廢水廢渣處理：甲醇制氫過程中可能會產生含有機物、重金屬等污染物的廢水以及廢棄催化劑等廢渣，若處理不當，會對環境造成污染，而廢水廢渣的處理需要額外的成本和技術投入。安全層面甲醇的危險性：甲醇屬于有毒、易燃液體，在儲存和運輸過程中存在泄漏、火災、爆炸等安全風險。