儲存與運輸：原料應儲存在干燥、通風、陰涼的環境中，防止受潮、發霉和氧化。運輸過程中也要注意保持適宜的條件，避免原料受到污染或損壞。
大豆卵磷脂提取（以大豆為例）
破碎：將大豆進行破碎處理，使其成為較小的顆粒，以便后續提取過程中溶劑能充分接觸原料，提高提取效率。
應配備有效的粉塵收集裝置，如旋風分離器、布袋除塵器等，及時收集干燥過程中產生的粉塵，并定期清理粉塵收集裝置，確保其正常運行。同時，要保持干燥車間的通風良好，降低粉塵濃度。
溫度過高會導致卵磷脂氧化、變性，影響產品質量，如使卵磷脂的活性成分喪失，降低其營養價值。一般來說，噴霧干燥的進風溫度通常控制在 150 - 200℃，出風溫度在 80 - 90℃；冷凍干燥時，預凍溫度需達到 - 40℃至 - 20℃，升華干燥階段溫度控制在 - 20℃至 20℃左右，解析干燥階段溫度可適當提高至 30 - 40℃。
脫膠：向提取得到的粗卵磷脂中加入適量的水或磷酸等脫膠劑，使其中的磷脂等膠溶性雜質凝聚沉淀，然后通過過濾或離心分離的方法將其去除。
脫臭：采用減壓蒸餾的方法，在高溫、高真空條件下，將卵磷脂中的異味物質去除，得到氣味的精煉卵磷脂。
