缺點：產品氣中氫含量受限制：在某些制氫途徑中，由于通入空氣氧化時氮氣的含量降低了混合氣中氫氣的含量。催化劑失活問題：在生產過程中，受活性相燒結和中毒等影響，催化劑會逐漸失活，需要定期更換。
若甲醇價格為2500元/噸，對應每千克氫氣生產需要甲醇成本則為16.24元（假設每立方米氫氣所需甲醇為0.58千克，且考慮其他因素時成本會有所上升）。能耗成本：甲醇制氫過程中需要外部供熱維持反應溫度，因此能耗成本也是總成本的重要組成部分，通常占總成本的20%至30%。
若考慮碳捕集成本（如CCUS技術），則甲醇制氫的總成本將進一步增加。CCUS碳捕集成本為375元/噸二氧化碳，而制備1千克氫氣對應約11.675千克二氧化碳排放，因此增加的成本約為4.38元/千克。在考慮碳捕集成本后，甲醇制氫的成本變化區間可能為21.37至37.61元/千克（具體取決于甲醇價格和其他成本因素）。
