儲存與運輸：原料應儲存在干燥、通風、陰涼的環境中，防止受潮、發霉和氧化。運輸過程中也要注意保持適宜的條件，避免原料受到污染或損壞。
環境濕度過高會使干燥后的卵磷脂重新吸收水分，導致產品含水量增加，影響儲存穩定性，容易引起微生物滋生和產品變質。
精選原料：選用的大豆、蛋黃等富含卵磷脂的原料。這些原料需經過嚴格篩選，去除雜質、變質部分，以產品質量。例如，大豆要選擇顆粒飽滿、無病蟲害的，蛋黃要確保新鮮、無異味。
脫臭：采用減壓蒸餾的方法，在高溫、高真空條件下，將卵磷脂中的異味物質去除，得到氣味的精煉卵磷脂。
脫酸：采用堿煉法，向粗卵磷脂中加入適量的氫氧化鈉溶液，中和其中的游離脂肪酸，生成皂腳，再通過分離設備將皂腳去除，降低卵磷脂的酸值。
萃取：采用有機溶劑萃取法，常用的溶劑有正己烷等。將破碎后的大豆顆粒與溶劑混合，在一定溫度和時間條件下，使卵磷脂等油脂成分溶解在溶劑中，形成混合油。
