細菌性髓部壞死病發病初期植株上部褪綠和萎蔫，嚴重時病莖表面初生褐色至黑褐色斑；縱剖病莖可見髓部變成黑綠色壞死，維管束變褐，莖稈髓腔腐爛中空，這些病變多發生在植株外部無病變的地方。表皮層多有圓形突起的“小疙瘩”或者不定根。濕度大時菌膿從莖傷口和不定根溢出，當下部莖被感染時常造成全株死亡。
大田中常將細菌性髓部壞死與潰瘍病、青枯病、枯萎病混淆，先來看看如何區分這幾種病害。
細菌性髓部壞死與潰瘍病的主要區別：①前者發病前期病變處莖稈外部沒有明顯的病癥，而后者病變處莖稈外部一般有明顯的病癥（狹長條斑，后期病斑開裂）；②前者濕度大時，菌膿從不定根和莖部傷口溢出，而后者則無。
細菌性髓部壞死與青枯病的主要區別：①前者嚴重時病莖表面生有黑色或褐色斑，而后者無明顯病斑；②前者在濕度大時菌膿會從莖傷口和不定根溢出，而后者表現為橫切病莖擠壓后會有白色菌液滲出；③前者病莖壞死部位多發生不定根，表皮層多有圓形的突起的“小疙瘩”，而后者沒有。
細菌性髓壞死病與枯萎病的主要區別：可先根據以上區分細菌性髓壞死病與番茄青枯病的第二點，然后再根據枯萎病和青枯病的區別來進一步辨別。枯萎病和青枯病為害的共同癥狀：整株或局部萎蔫，無明顯病斑，番茄青枯病莖基部維管束均為褐色。不同的是番茄青枯病植株枯死，葉片仍保持綠色，橫切面擠壓后有白色菌液滲出；而枯萎病枯死后，葉色變黃，橫切面經擠壓無菌液滲出。
在實際操作中，細菌性髓部壞死病菌主要是在澆灌溉水和農事操作（整枝、打杈、綁蔓等）等過程中進行傳播，尤其是打葉等操作留下的傷口，為病原菌的入侵提供了綠色通道，加上陰天進行農事操作，傷口不能及時愈合，病菌會通過傷口侵染，危害髓部。
該病一般在開花坐果前較少發生，而經過開花坐果期時，由于作物創造的養分分流給果實、花朵、營養枝生長，相當于人類慢慢進入了衰老期，再加上施用氮肥過多，磷鉀肥不足，中微量元素缺乏，造成根系不舒展，地上部分虛長、旺長，作物抗性差，抵抗力低，不僅細菌性髓部壞死病菌在此時侵染，而且像青枯病、潰瘍病等病菌也會趁虛而入，加上細菌性病害的傳染性強、發病速度快，造成病害的爆發，加大了防治的難度。
番茄細菌性髓部壞死，一旦上病，傳染很快，而且侵染到作物髓部，即使用藥，必然造成損失，應抓住預防的關鍵時期，防患于未然。
防治方法
1、綜合防治：①高溫悶棚，減少多年連作積累的惡性菌；②增施有機肥、生物菌劑（地力旺）、中微量元素，活化土壤中固定的多種元素，改善土壤團粒結構，增加土壤透氣性，提高肥料利用率，促使根系發達，植株健壯。③高壟栽培，減低濕度，提高地溫，減少病害的發生。
2、盡量減少傷口。科學摘葉去枝，好是選在晴天進行，打老葉時，要適當留一段葉柄，整個區域農事操作后及時用青枯立克300倍進行噴霧，傳導殺菌，補充營養，修復傷口，減少病菌侵染。
3、提前預防。定植前:使用青枯立克100-150倍+地力旺300-500倍+沃豐素600倍進行蘸根；緩苗期及苗期：使用青枯立克150-300倍+地力旺300-500倍+沃豐素600倍灌根1-2次，（也可同時噴霧）；花果期：使用青枯立克150-300倍+沃豐素600倍噴霧2-6次，（也可同時灌根）；病害高發期同時復配大蒜油1000-1500倍或其它化學藥。
控制方案：發現病情初期，使用細截或靚果安 150倍+青枯立克100-150倍+大蒜油1000-1500倍+沃豐素600倍+有機硅進行噴霧+灌根，連用2-3次，間隔2-3天（噴霧需要1天噴1次，連續噴霧3天）；病情嚴重的復配其它化學藥。

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