空調自控系統是一種自動控制室內溫度的系統，它能夠自動根據室內溫度變化，調節空調機組的動作，以達到設定的溫度。該系統由溫控器、空調機組、運行狀態監測儀表等組成，它的工作原理是將溫度傳感器放置于室內，實時檢測室內溫度，將溫度信號輸入溫控器，溫控器將控制信號發送到空調機組，控制機組運行，從而達到設定的溫度要求。

7.潔凈區采用凈化組合式空調機組，機組配備帶冷盤管和熱盤管，熱盤管兼顧夏季再熱使用，冬季加濕采用電極加濕器。
8.室外新風送入組合式空調機組，經處理后送入各潔凈室，各潔凈室回/排風再由下部排風口排出室外。
9、自動控制器實行溫度控制，在夏季工況下：新風進入凈化空調機組,在凈化空調機組中進行降溫除濕至機器露點，再通過輔助風管電加熱器加熱到設計的送風狀態點，送風。
10、排風機與凈化空調機組實現連鎖控制，即凈化空調機組開啟，所對應的潔凈區的排風機亦開啟，當凈化空調機組關閉后，所對應的排風機也相應的關閉。
16.缺風保護：在送風機前后設置缺風保護壓差開關，對加熱器、加濕器實現保護，即缺風保護壓差開關不接通，則上述加熱器、加濕器不得投入工作；且如果開機3分鐘后缺風保護壓差開關仍未接通，則發出缺風故障報警；
18、停機延時：需關閉和空調系統時，先關掉加熱、加濕、送風機延時3分鐘后關閉，以清除機組內殘留的余熱余濕；
19、過濾器壓差報警：在過濾器前后設置壓差開關，當過濾器前后壓差超過設定值時報警指示；
20、掉電保護：加熱電動調節閥/加濕器電動執行器均為斷電復位型，系統突然掉電時，可以自行關閉；
21、電氣安全保護：為機組安全可靠運行，機組控制柜提供以下安全保護功能：電機過載保護，電源、運行及過載報警指示，具有遠程/就地控制轉換功能；
22、防凍保護：有防凍措施和報警功能；

．自動化系統內容包括BMS建筑管理系統中空調系統的自動控制與房間環境監測末端點位通過硬接線/通信線至各樓層對應PLC柜，再通過網線/光纖至BMS系統機房。功能上可監可控，結果上須調試至需要的效果。設計單位明示控制要求及原理，具體自控圖紙由包商深化。自控系統BMS機房位置暫定與負一層弱電機房合并設置，布置參考自控構架圖，具體由包商確認并深化；線纜沿弱電橋架/出橋架穿管敷設，橋架未及或空間不足，由包商自行敷設橋架/穿管。設計未及之處，依照國家規范標準施工。 環境監測系統本工程環境監測系統用于潔凈區內關鍵房間的溫溫度、房間差壓的實時監控和報警。當采集到的測量數據值超過環境監測系統中可接受的參數設定值時，系統將自動觸發報警并且通知操作人員。所有測量的原始數據值和報警信息將自動記錄并且存僧在環境監測系統的歷史數據服務器。要求原始數據值可通過以時間為參數的曲線方式記錄以便使用方調用。環境監測系統設備組成溫度傳感器／變送器、濕度傳感器／變送器、壓差傳感器／變送器、各氣體探測器顯示面板要求能顯示并計量溫度、濕度、壓差三類數據，需額外考慮點位需求。環境監測系統監測內容潔凈區域房間相對壓差監測房間溫／濕度監測動物實驗室氨濃度探測、CO2使用點CO2濃度探測現場聲光報警：關鍵工藝區域設聲光報警器（詳見各原理圖），用于動物實驗室環境及CO2濃度報警。