1.自控設備及元件：采用多功能數字控制器，結合溫濕度傳感器、電動調節水閥、風閥執行器等控制設備，對系統的風量、溫度、濕度進行控制。
2.溫度控制：溫濕度傳感器檢測室內回風溫度，送往控制器，控制器將傳感器信號與溫度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥及電加熱，控制凈化空調機組的送風溫度。
3.濕度控制：溫濕度傳感器檢測室內回度，送往控制器，控制器將傳感器信號與濕度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥、電加熱及加濕器，控制凈化空調機組的送度。
4.凈化空調機組風機電機控制：變頻啟動；正常高速運行，值班工況低速運行；實現變頻、定頻、應急通風三種運轉模式；壓差傳感器檢測系統阻力變化，變頻器相應自動調整風機馬達轉速減少正常運行時的能耗。
5.遠程監控：設室內控制面板，可實現：風機電機運行、故障狀態監控；過濾器堵塞壓差監控；遠程啟停、值班控制及正負壓轉換控制（僅正負壓切換病房室有），溫、濕度顯示及溫度調節功能。
6.機房本地控制：配置智能控制柜，除了實現室內控制面板所有功能外，還可實現：控制參數修改，各級過濾器壓差堵塞監控，系統缺風壓差監控，電加熱高溫報警監控，加濕器等各種設備運行、故障狀態監控。

空調自控系統是一種自動控制室內溫度的系統，它能夠自動根據室內溫度變化，調節空調機組的動作，以達到設定的溫度。該系統由溫控器、空調機組、運行狀態監測儀表等組成，它的工作原理是將溫度傳感器放置于室內，實時檢測室內溫度，將溫度信號輸入溫控器，溫控器將控制信號發送到空調機組，控制機組運行，從而達到設定的溫度要求。

7.潔凈區采用凈化組合式空調機組，機組配備帶冷盤管和熱盤管，熱盤管兼顧夏季再熱使用，冬季加濕采用電極加濕器。
8.室外新風送入組合式空調機組，經處理后送入各潔凈室，各潔凈室回/排風再由下部排風口排出室外。
9、自動控制器實行溫度控制，在夏季工況下：新風進入凈化空調機組,在凈化空調機組中進行降溫除濕至機器露點，再通過輔助風管電加熱器加熱到設計的送風狀態點，送風。
10、排風機與凈化空調機組實現連鎖控制，即凈化空調機組開啟，所對應的潔凈區的排風機亦開啟，當凈化空調機組關閉后，所對應的排風機也相應的關閉。
16.缺風保護：在送風機前后設置缺風保護壓差開關，對加熱器、加濕器實現保護，即缺風保護壓差開關不接通，則上述加熱器、加濕器不得投入工作；且如果開機3分鐘后缺風保護壓差開關仍未接通，則發出缺風故障報警；
18、停機延時：需關閉和空調系統時，先關掉加熱、加濕、送風機延時3分鐘后關閉，以清除機組內殘留的余熱余濕；
19、過濾器壓差報警：在過濾器前后設置壓差開關，當過濾器前后壓差超過設定值時報警指示；
20、掉電保護：加熱電動調節閥/加濕器電動執行器均為斷電復位型，系統突然掉電時，可以自行關閉；
21、電氣安全保護：為機組安全可靠運行，機組控制柜提供以下安全保護功能：電機過載保護，電源、運行及過載報警指示，具有遠程/就地控制轉換功能；
22、防凍保護：有防凍措施和報警功能；