1.自控設備及元件：采用多功能數字控制器，結合溫濕度傳感器、電動調節水閥、風閥執行器等控制設備，對系統的風量、溫度、濕度進行控制。
2.溫度控制：溫濕度傳感器檢測室內回風溫度，送往控制器，控制器將傳感器信號與溫度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥及電加熱，控制凈化空調機組的送風溫度。
3.濕度控制：溫濕度傳感器檢測室內回度，送往控制器，控制器將傳感器信號與濕度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥、電加熱及加濕器，控制凈化空調機組的送度。
4.凈化空調機組風機電機控制：變頻啟動；正常高速運行，值班工況低速運行；實現變頻、定頻、應急通風三種運轉模式；壓差傳感器檢測系統阻力變化，變頻器相應自動調整風機馬達轉速減少正常運行時的能耗。
5.遠程監控：設室內控制面板，可實現：風機電機運行、故障狀態監控；過濾器堵塞壓差監控；遠程啟停、值班控制及正負壓轉換控制（僅正負壓切換病房室有），溫、濕度顯示及溫度調節功能。
6.機房本地控制：配置智能控制柜，除了實現室內控制面板所有功能外，還可實現：控制參數修改，各級過濾器壓差堵塞監控，系統缺風壓差監控，電加熱高溫報警監控，加濕器等各種設備運行、故障狀態監控。

控制說明:設置在回風管的溫濕度傳感器控制表冷盤管的電動比例積分閥開度、電加熱啟停、加濕器開度，維持房間溫濕度在設定值范圍。當回風溫度設定溫度當回風溫度低于設定溫度，減小表冷電動閥開度，使溫度升高當回風低度設定溫度，增大表冷電動閥開度，打開電加熱，使濕度降低當回風溫度低于設定溫度，增大加濕器開度，使濕度升高2. 報警控制： 各級過濾器均設置差壓報警。3. 防火閥關閉時系統停止運行，正常運行時新風電動閥與送風機聯鎖，4. 啟停順序：啟動順序：新風電動風閥-空調機組-排風機;停止順序相反5. 循環空調機組的風機設故障報警

．自動化系統內容包括BMS建筑管理系統中空調系統的自動控制與房間環境監測末端點位通過硬接線/通信線至各樓層對應PLC柜，再通過網線/光纖至BMS系統機房。功能上可監可控，結果上須調試至需要的效果。設計單位明示控制要求及原理，具體自控圖紙由包商深化。自控系統BMS機房位置暫定與負一層弱電機房合并設置，布置參考自控構架圖，具體由包商確認并深化；線纜沿弱電橋架/出橋架穿管敷設，橋架未及或空間不足，由包商自行敷設橋架/穿管。設計未及之處，依照國家規范標準施工。 環境監測系統本工程環境監測系統用于潔凈區內關鍵房間的溫溫度、房間差壓的實時監控和報警。當采集到的測量數據值超過環境監測系統中可接受的參數設定值時，系統將自動觸發報警并且通知操作人員。所有測量的原始數據值和報警信息將自動記錄并且存僧在環境監測系統的歷史數據服務器。要求原始數據值可通過以時間為參數的曲線方式記錄以便使用方調用。環境監測系統設備組成溫度傳感器／變送器、濕度傳感器／變送器、壓差傳感器／變送器、各氣體探測器顯示面板要求能顯示并計量溫度、濕度、壓差三類數據，需額外考慮點位需求。環境監測系統監測內容潔凈區域房間相對壓差監測房間溫／濕度監測動物實驗室氨濃度探測、CO2使用點CO2濃度探測現場聲光報警：關鍵工藝區域設聲光報警器（詳見各原理圖），用于動物實驗室環境及CO2濃度報警。