1.自控設備及元件：采用多功能數字控制器，結合溫濕度傳感器、電動調節水閥、風閥執行器等控制設備，對系統的風量、溫度、濕度進行控制。
2.溫度控制：溫濕度傳感器檢測室內回風溫度，送往控制器，控制器將傳感器信號與溫度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥及電加熱，控制凈化空調機組的送風溫度。
3.濕度控制：溫濕度傳感器檢測室內回度，送往控制器，控制器將傳感器信號與濕度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥、電加熱及加濕器，控制凈化空調機組的送度。
4.凈化空調機組風機電機控制：變頻啟動；正常高速運行，值班工況低速運行；實現變頻、定頻、應急通風三種運轉模式；壓差傳感器檢測系統阻力變化，變頻器相應自動調整風機馬達轉速減少正常運行時的能耗。
5.遠程監控：設室內控制面板，可實現：風機電機運行、故障狀態監控；過濾器堵塞壓差監控；遠程啟停、值班控制及正負壓轉換控制（僅正負壓切換病房室有），溫、濕度顯示及溫度調節功能。
6.機房本地控制：配置智能控制柜，除了實現室內控制面板所有功能外，還可實現：控制參數修改，各級過濾器壓差堵塞監控，系統缺風壓差監控，電加熱高溫報警監控，加濕器等各種設備運行、故障狀態監控。

7.潔凈區采用凈化組合式空調機組，機組配備帶冷盤管和熱盤管，熱盤管兼顧夏季再熱使用，冬季加濕采用電極加濕器。
8.室外新風送入組合式空調機組，經處理后送入各潔凈室，各潔凈室回/排風再由下部排風口排出室外。
9、自動控制器實行溫度控制，在夏季工況下：新風進入凈化空調機組,在凈化空調機組中進行降溫除濕至機器露點，再通過輔助風管電加熱器加熱到設計的送風狀態點，送風。
10、排風機與凈化空調機組實現連鎖控制，即凈化空調機組開啟，所對應的潔凈區的排風機亦開啟，當凈化空調機組關閉后，所對應的排風機也相應的關閉。
16.缺風保護：在送風機前后設置缺風保護壓差開關，對加熱器、加濕器實現保護，即缺風保護壓差開關不接通，則上述加熱器、加濕器不得投入工作；且如果開機3分鐘后缺風保護壓差開關仍未接通，則發出缺風故障報警；
18、停機延時：需關閉和空調系統時，先關掉加熱、加濕、送風機延時3分鐘后關閉，以清除機組內殘留的余熱余濕；
19、過濾器壓差報警：在過濾器前后設置壓差開關，當過濾器前后壓差超過設定值時報警指示；
20、掉電保護：加熱電動調節閥/加濕器電動執行器均為斷電復位型，系統突然掉電時，可以自行關閉；
21、電氣安全保護：為機組安全可靠運行，機組控制柜提供以下安全保護功能：電機過載保護，電源、運行及過載報警指示，具有遠程/就地控制轉換功能；
22、防凍保護：有防凍措施和報警功能；

1.防火調節閥與送排風機聯鎖, 當風管內空氣溫度達到70°C時, 防火調節閥自動關閉,同時切斷送排風機電源, 并將信號傳至值班室。 另外,當消防值班室接到火警信號時,也可由消防人員手動遠距離關閉防火調節閥, 并切斷送排風機電源。2.空調系統的初效,中效過濾器壓差現場顯示，當過濾器阻力大于下列值時清洗或更換: 初效過濾器的壓差>80Pa, 中效過濾器的壓差>160Pa。過濾器進行壓差報警，當過濾器阻力>400Pa時報警，過濾器需要進行更換。FFU過濾器進行壓差報警，當過濾器阻力>180Pa時報警，過濾器需要進行更換。3.正壓控制：新風機組的風機設置自動變頻控制室內的正壓，當總管正壓值大于350Pa時（通過現場調試設定），減小風機變頻器的頻率。當正壓值小于350Pa時，加大變頻器的頻率。房間內正壓的控制，通過安裝在房間吊頂上壓差傳感器控制對應房間吊頂上新風電動閥的開度。4.室內溫濕度控制：當室外露點溫度大于11.8°C時，為夏季；當室外露點溫度低于11.8°C時且其干球溫度低于18°C時，為冬季；其它工況為過渡季節。（1）夏季工況：a.電動閥MV-M101-1、MZ-M101-1關閉，電動二通閥MV-M101-2、MV-M101-3、MV-M101-4開啟；系統處于制冷工況。b.設定干球溫度傳感器T1溫度為20°C，當T1溫度20°C時，電動二通閥MV-M101-2開大，當T1溫度低于20°C時，電動二通閥MV-M101-2關小。c.設定出風露點傳感器Td溫度為11.8°C，當Td溫度11.8°C時，電動二通閥MV-M101-3開大；當Td溫度低于11.8°C時，電動二通閥MV-M101-3關小；d.設定出風干球溫度傳感器T2溫度為18°C，當T2溫度18°C時，電動二通閥MV-M101-4關小；當T2溫度低于18°C時，電動二通閥MV-M101-4開大；（可根據實際情況調整出風溫度或關閉電動閥MV-M101-4直接露點送風，出風露點也可根據實際情況微調）