1.自控設備及元件：采用多功能數字控制器，結合溫濕度傳感器、電動調節水閥、風閥執行器等控制設備，對系統的風量、溫度、濕度進行控制。
2.溫度控制：溫濕度傳感器檢測室內回風溫度，送往控制器，控制器將傳感器信號與溫度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥及電加熱，控制凈化空調機組的送風溫度。
3.濕度控制：溫濕度傳感器檢測室內回度，送往控制器，控制器將傳感器信號與濕度設定值進行比較，輸出控制信號控制電動調節水閥、電加熱及加濕器，控制凈化空調機組的送度。
4.凈化空調機組風機電機控制：變頻啟動；正常高速運行，值班工況低速運行；實現變頻、定頻、應急通風三種運轉模式；壓差傳感器檢測系統阻力變化，變頻器相應自動調整風機馬達轉速減少正常運行時的能耗。
5.遠程監控：設室內控制面板，可實現：風機電機運行、故障狀態監控；過濾器堵塞壓差監控；遠程啟停、值班控制及正負壓轉換控制（僅正負壓切換病房室有），溫、濕度顯示及溫度調節功能。
6.機房本地控制：配置智能控制柜，除了實現室內控制面板所有功能外，還可實現：控制參數修改，各級過濾器壓差堵塞監控，系統缺風壓差監控，電加熱高溫報警監控，加濕器等各種設備運行、故障狀態監控。

a.凈化自取新風系統
自取新風凈化循環機組冷熱盤管的回水總管上配置比例積分電動調節三通閥，新風入口風管、回風主管上設置溫、濕度傳感器；傳感器均需安裝在風管直管段 上，不得安裝于彎頭位置。
溫、濕度探頭采集到信號后傳遞給自動控制器，自動控制器再通過所設定的溫度、濕度要求來控制三通調節閥的開啟度、再熱的運行。
自動控制器實行濕度控制。在夏季工況下：新風與回風混合之后，通過機組的表冷盤管進行降溫除濕，再通過機組再熱加熱到設計的送風狀態點送風；在 冬季工況下：室外新風低于5℃時，新風經機組預熱到5℃后，通過盤管加熱到設定溫度值后，再通過加濕器加濕，直到溫、濕度滿足自動控制器設定的值送風。

空調自控系統是一種自動控制室內溫度的系統，它能夠自動根據室內溫度變化，調節空調機組的動作，以達到設定的溫度。該系統由溫控器、空調機組、運行狀態監測儀表等組成，它的工作原理是將溫度傳感器放置于室內，實時檢測室內溫度，將溫度信號輸入溫控器，溫控器將控制信號發送到空調機組，控制機組運行，從而達到設定的溫度要求。