生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受喜歡。

豬糞質地較細，含有較多的有機質和氮磷鉀養分，豬糞分解較慢，適宜做基肥，但人們通常認為豬是很臟的動物，其實豬是很愛干凈的，在豬圈中，豬的吃喝拉撒睡都有固定的位置，在現代化養豬條件下，豬糞處理是一項關鍵的環保技術，否則會引起環境污染，經過滾筒反應器好氧發酵處理，可以豬糞便加成有機肥，達到、無排放、無臭味，使糞土變成黃金。現有的豬糞發酵時，只是對其進行簡單的處理，現有的豬糞發酵裝置在使用時，效果不好，降低了發酵效率，同時會產生硫化氫，影響環境和人身體健康，不方便使用者的使用，降低了豬糞發酵裝置的實用性。

堆肥發酵反應器是一種集原料收集、存貯及發酵功能為一體的好氧發酵裝置，適用于對環境要求較高的養殖場、園林廢棄物處理廠、廚余垃圾處理廠、城市污泥及垃圾處理廠、豆粕、木薯渣及米糠等好氧發酵飼料加工廠等對畜禽糞便、廚余垃圾、生活污泥等進行高溫好氧發酵。結構緊湊，占地面積小，無需建設廠房，自動化程度高，節能環保。原料發酵后的成品從下方的出料口卸出，用做農業肥料、土壤改良、園林綠化等。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環境，盡量保存在陰涼干燥處。 此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發生不良反應。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。