生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受喜歡。

有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產量是同期工業固體廢棄物產量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發酵)可以實現廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發了眾多的好氧發酵反應器，試圖提高好氧發酵的效率，降低發酵設備的制造成本和運行成本。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

生物菌肥是一種由生物菌種（如細菌、真菌等）經過發酵或培養后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，這些微生物能夠分解有機物質，提供植物所需的營養元素，并促進植物生長。 生物菌肥具有以下特點：
1. 提供多種養分：生物菌肥中含有豐富的有機質和微量元素，這些養分對植物生長發育至關重要。
2. 促進土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能夠分解有機物質，釋放出更多的養分，并促進土壤中其他微生物的繁殖和活動，改善土壤質地和結構。
3. 增強植物力：生物菌肥中的益生菌能夠與植物形成共生關系，提高植物的抗病能力，減少病蟲害的發生。
4. 環境友好：生物菌肥不含化學合成的肥料成分，對環境污染較小，使用后不會對土壤和水體造成負面影響。

微生物菌肥，富含多糖類、生物堿類、類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過提高作物葉片中葉綠素的含量達到營養復壯、提質增產的效果，通過提高作物體內的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。