2．制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長，和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4．減少化肥的使用量和提高作物品質使用微生物肥料后對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質的改善比產量提高好處更大。

有機肥料
有機肥料（manure） 天然有機質經微生物分解或發酵而成的一類肥料。中國又稱農家肥。其特點有：原料來源廣，數量大；養分全，含量低；肥效遲而長，須經微生物分解轉化后才能為植物所吸收；改土培肥效果好。常用的自然肥料品種有綠肥、人糞尿、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣肥和廢棄物肥料等。

肥料使用準則A級綠色食品：系指在生態環境質量符合規定標準的產地，生產過程中允許使用限定化學合成物質，按特定的生產操作規程生產、加工、產品質量及包裝經檢測、檢查符合特定標準，并經機構認定，許可使用A級綠色食品標志的產品。 1．選用綠色食品標準規定允許使用的肥料種類。如生產上實屬，允許生產基地有限度地使用部分化肥，但禁止使用硝態氮肥。 2．化肥與有機肥配合使用，有機氮與無機氮之比以1比1為宜，廄肥大約1000千克加尿素20千克（廄肥作基肥，尿素可作基肥和追肥用）。后一次追肥在收獲前30天進行。 3．化肥也可以和有機肥、微生物肥配合使用。城市垃圾要經過無害化處理，質量達到國家標準后才能使用，每年每畝農田限制用量，粘性土壤不超過300千克，砂性土壤不超過2000千克。 4．秸稈還田及其他使用準則，同AA級綠色食品的肥料使用準則

生物肥料的分類
按目前微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：
（1）通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養的供應量，包括土壤和生產環境中植物營養元素的供應總量和植物營養元素的有效供應量，導致植物營養狀況的改善，進而產量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。
（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關鍵作用導致作物增產，但是其中微生物生　命活動的關鍵作用不限于提高植物的元素營養供應水平，包括了它們所產生的植物生長素對植物的作用，促進植物對營養元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導致產量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復雜。但隨著研究的深入發展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學的歸屬、分類。

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從事農業生產工作的種植者都知道，農作物的生長離不開土壤，因為植物需要的養分一部分是從土壤中吸收的，所以土壤中的養分含量決定著植物的狀態，土壤中含有很多種營養元素，其中作為大量元素的氮、鉀、磷對植物的生長至關重要。通過肉眼很難判斷土壤元素的多少，要想準確得出土壤中各類元素的含量，就通過土壤肥料養分檢測儀的測定才行。