農家肥：
區別：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵率低。
2）生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區別：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環境。

有機肥工業存在出產規模小、出產不安穩等問題，我國農業大學資源與環境學院教授李季說，現在有機肥工業技能落后、產質量量低質、商場需求缺乏，尚處于初級開展階段，但遠景非常寬廣。而關于有機肥未來的遠景問題，李季表明：“無論是果園、茶園仍是蔬菜大棚，推行有機肥代替化肥都具有共性。 　　而具體來說，蔬菜出產關于肥料和營養的需求更大，由于蔬菜出產灌溉頻率高，對營養濃度和植物吸收功率的要求更高。尋求和益，化肥的運用不可或缺。所以有機無機混合上肥的形式或許更為理想。經過噴滴灌施用水溶肥合作溝施、穴施有機肥，能夠有用改進土壤條件，前進肥料的歸納利用率。”

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受農喜歡。可是，在近年來生物有機肥出產經銷和實踐使用中，卻呈現了一系列亟待解決的問題，詳細如下：

堆肥發酵反應器是一種集原料收集、存貯及發酵功能為一體的好氧發酵裝置，適用于對環境要求較高的養殖場、園林廢棄物處理廠、廚余垃圾處理廠、城市污泥及垃圾處理廠、豆粕、木薯渣及米糠等好氧發酵飼料加工廠等對畜禽糞便、廚余垃圾、生活污泥等進行高溫好氧發酵。結構緊湊，占地面積小，無需建設廠房，自動化程度高，節能環保。原料發酵后的成品從下方的出料口卸出，用做農業肥料、土壤改良、園林綠化等。

有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產量是同期工業固體廢棄物產量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發酵)可以實現廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發了眾多的好氧發酵反應器，試圖提高好氧發酵的效率，降低發酵設備的制造成本和運行成本。

農業有機廢棄物包括農業生產產生的各類農作物秸稈，以及畜禽養殖產生的畜禽糞便等，處理難度較大，是環境治理的難題。將農業有機廢棄物畜禽糞便、秸桿等作為可利用的資源進行好氧發酵 ，不僅可以解決農業生產廢物對環境的污染問題，同時生產出來的有機肥可以帶來收益，實現了廢棄物的無害化、減量化、資源化，符合我國對環境保護和資源可持續利用的政策方針。