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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

堆肥：各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進行好氧發酵腐熟而成的一種肥料。
漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成.
廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.
沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。
綠肥：利用栽培或的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。
作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、 Ca、s等。
在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。
礦物質肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒有經過化學加工的天然物質。此類產品要通過有機認證，并嚴格按照有機標準生產才可用于有機農業。
餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
泥肥：未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。

化肥耗能高、污染大,疾呼推廣生物肥、有機肥

　　出產氮肥每年要面臨化肥日益的高耗能、重污染問題，人們不得不提出一條可繼續開展的、綠色有機農業路途，那么大家有何對策呢?

　　化肥的能耗高問題

　　出產氮肥每年要耗費全國近三分之一的天然氣，一起要耗費掉約1億噸煤。斷定的1008家要點能耗企業中，氮肥企業就占了165家，挨近五分之一。在分組討論工作報告時，張日紅脫口說出了幾個數字。

　　“令人擔憂的是，化肥不光很多耗費不行再生資源，而且形成了農業污染和農作物質量下降。”全國“”期間，黑龍江省張日紅呼喊，應該大力開展推行生物肥、有機肥料，逐漸替換化肥。

　　傳統的化肥工業是典型的高耗能、高污染職業，它以煤、石油和天然氣等不行再生資源為質料，出產過程還要耗費很多水和電。依據不完全統計，僅氮肥出產，每年要耗費約1億噸煤，且以年1000萬噸的速度增加，別的還要耗費全國近三分之一的天然氣。

　　化肥的污染大，惡化生態環境

　　伴隨著農用化肥的過量與不妥運用，我國農業正在成為導致生態環境污染的重要一環。水、土與大氣環境已不勝化肥之重負，近年來發作的許多水污染事情中都已隱現化肥蹤影。我國農科院查詢顯現，現在國內氮肥的施用量已遠遠糧食作物的需求量，全國已有17個省氮肥均勻施用量世界公認的每公頃225公斤上限。

　　化肥過量與不妥運用形成動力與資源糟蹋，生態環境污染的一起，還使得化肥投入的酬勞三十年間遞減了50%～60%，進而形成農產品[0.33% 資金 研報]質量下降、食物安全問題加重，形成了農業污染的累積效應。

　　呼喊推行生物肥、有機肥

　　使用微生物的代謝轉化功用，樹立生物技能是人類尋求處理環境惡化、能處理資源缺少和人口健康等問題的戰略途徑。發達國家的微生物技能產量到達其國民出產總值的6%—10%，而我國現在只要3%。生物肥料的出產與化肥比較能耗小、成本低、能有用處理廢棄物，完成循環經濟，而且、無害、生態、環保，它的研制、出產、推行和使用對可繼續農業的開展具有現實意義。