生物菌肥的使用方法：

1、在播種前，將生物菌肥混入土壤中，與土壤混合均勻，或者將生物菌肥混入水中，攪拌均勻后灑在土壤上。

2、根據作物的種類以及品種，選擇合適的生物菌肥，并按照說明書相應的比例添加到土壤中。

3、在作物播種后，在每次施肥前，將生物菌肥混入水中，攪拌均勻后灑在土壤上。

4、在作物結果前，在每次施肥前，將生物菌肥混入水中，攪拌均勻后灑在土壤上。

5、在作物收獲后，將生物菌肥混入水中，攪拌均勻后灑在土壤上，促進作物土壤的肥力增強。

有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產量是同期工業固體廢棄物產量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發酵)可以實現廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發了眾多的好氧發酵反應器，試圖提高好氧發酵的效率，降低發酵設備的制造成本和運行成本。

目前，國內現有的一些畜禽糞便發酵技術普遍存在著發酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發酵工藝落后，占地面積大，發酵過程中因發酵工藝落后造成地下水的污染和因發酵不全產生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環境產生嚴重影響。同時發酵生產受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現象。發酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數量多。

原始自然堆漚發酵，此種方法缺點比較多：
1. 發酵持續時間長，大約要在300天以上，延遲了羊糞的使用吋間，而且大量占用土地， 造成土地資源浪費；
2. 堆漚的過程中造成污染，
其氣污染.堆漚過程中，發酵期間會出現惡臭味， 一方面影響大氣質量，對周邊大 氣造成污染，另一方面影響周邊居民生活環境，危害身體健康。
其二水體污染.羊糞堆漚發酵過程中產生的各種有害病菌易隨地表水流入地下水源，造成地表水和地下水雙層污染，對工農業生產都會造成危害。
其三環境污染.堆漚過程中，促使蚊蠅滋生，傳播疾病，對人類生活特別不利。

目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。

現在辦理還不太標準，產品標準也有待強化。國家盡管實行了登記證辦理制度，但辦理力度不行，不少未登記的企業或產品乃至冒充劣產品還在聲勢浩大地宣揚、出產和出售。別的，對國外產品亟待標準，有的國外產品價格太高，虛張聲勢，嚴峻損害了農人利益。