，生物菌肥是一種結合菌種發酵而成的有機肥料。它能夠通過菌種的生長，分解有機物質，釋放出營養元素，使土壤中的有機營養元素得到增加，從而改善土壤的有機質含量，提高土壤的肥力，改善作物的生長狀況。生物菌肥的特點是：低毒性、低臭味，使用安全可靠；有效成分經過高科技發酵技術處理，有效成分活性高，利用；促進植物生長，增強植物抗逆性，改善土壤質量，提高作物產量；節約肥料，減少環境污染。

我國是農業資源大國，每年產生的秸桿7億多噸，秸桿資源大部分被作為農戶生活燃料或在田間焚燒或被棄置亂堆，不僅造成了秸桿資源的嚴重浪費，而且還導致了環境的污染。隨著秸桿的綜合利用技術越來越成熟，越來越多的秸桿將被綜合利用，其中利用秸桿發酵制造肥料是秸桿利用的一個重要方面，但是目前秸桿發酵都是在自然狀態下進行的，發酵時間較長，不能滿足大量處理秸桿的要求。

目前，國內現有的一些畜禽糞便發酵技術普遍存在著發酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發酵工藝落后，占地面積大，發酵過程中因發酵工藝落后造成地下水的污染和因發酵不全產生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環境產生嚴重影響。同時發酵生產受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現象。發酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數量多。

原始自然堆漚發酵，此種方法缺點比較多：
1. 發酵持續時間長，大約要在300天以上，延遲了羊糞的使用吋間，而且大量占用土地， 造成土地資源浪費；
2. 堆漚的過程中造成污染，
其氣污染.堆漚過程中，發酵期間會出現惡臭味， 一方面影響大氣質量，對周邊大 氣造成污染，另一方面影響周邊居民生活環境，危害身體健康。
其二水體污染.羊糞堆漚發酵過程中產生的各種有害病菌易隨地表水流入地下水源，造成地表水和地下水雙層污染，對工農業生產都會造成危害。
其三環境污染.堆漚過程中，促使蚊蠅滋生，傳播疾病，對人類生活特別不利。

堆肥發酵是在人工控制下，在一定的水分、c/n比和通風條件下，通過微生物的發酵作用，將有機物轉變為肥料的過程；科學地來講，堆肥發酵是依靠自然界廣泛分布的微生物，人為地將促進可生物降解的有機物向穩定的腐殖質生化轉化的微生物過程。通過堆肥發酵可使畜禽糞便、生活垃圾、作物秸稈等有機廢棄物實現穩定化、無害化，變廢為寶，將固體廢棄物中的適用組分轉換為有用物質和能源，實現資源的合理利用，可避免或減輕垃圾廢物大面積堆積，影響市容及垃圾自然、散發臭氣、傳播疾病，從而對人體和環境造成危害。

現在辦理還不太標準，產品標準也有待強化。國家盡管實行了登記證辦理制度，但辦理力度不行，不少未登記的企業或產品乃至冒充劣產品還在聲勢浩大地宣揚、出產和出售。別的，對國外產品亟待標準，有的國外產品價格太高，虛張聲勢，嚴峻損害了農人利益。