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蚓糞中富含細菌、放線菌和真菌，這些微生物不僅使復雜物質礦化為植物易于吸收的有效物質，而且還合成一系列有生物活性的物質，如糖、氨基酸、維生素等，這些物質的產生使蚓糞具有許多特殊性質。
通過有益微生物和蚯蚓的生命活動，產生了生長素、細胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促進植物生長，調控植物代謝；還會產生大量多糖。其中的有益微生物還能產生拮抗活性強、抗菌譜廣的抗生素，限制病原菌的生長，使植物土傳病害得到抑制。

蚯蚓糞是一種黑色、均一、有自然泥土味的細碎類物質，具有很好的孔性、通氣性、排水性和高的持水量。微小的顆粒狀還能幫助增進土壤與空氣盡可能地接觸，因為它們同土壤混合后使土壤不再板結和堅硬。蚯蚓糞因有很大的表面積，使得許多有益微生物得以生存，并具有吸收和保持營養物質的能力。

蚯蚓糞顆粒小，具有多孔性，比表面積龐大，吸附能力強，可以較大程度地吸附土壤中的重金屬；蚯蚓糞中的腐殖酸也是一種很強的吸附劑，能吸附可溶態重金屬而降低其生物有效性；蚯蚓糞中的大量微生物群本身就能與土壤中各種有機和無機膠體相互作用而對重金屬進行吸附、富集、沉淀等，從而降低重金屬的可利用性。由此可見，蚯蚓糞在修復土壤、鈍化土壤中有害重金屬方面也起到重要作用。