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目前，化肥被大量施用以保持農林業高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發酵腐熟技術不斷發展與創新。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環境，盡量保存在陰涼干燥處。 此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發生不良反應。
微生物菌肥，富含多糖類、生物堿類、類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過提高作物葉片中葉綠素的含量達到營養復壯、提質增產的效果，通過提高作物體內的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養。
微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。
菌肥提高果實內在品質，農產品糖度、蛋白質、纖維素、胡蘿卜素、鈣、鋅等營養成分均有大幅提高，表現為果實口感好，脆甜可口，畸果少，耐儲運；表觀品質提高，果實齊整，個大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果實增重增產顯著。
生物菌肥是一種使用微生物菌群作為主要成分的有機肥料。它通過添加益生菌和有益微生物來改善土壤質量和植物生長環境。 生物菌肥中的微生物菌群包括一些對植物生長有促進作用的細菌和真菌，例如固氮菌、磷解菌和有機物分解菌等。這些微生物能夠與植物根系共生，提供植物所需的養分，促進植物的生長和發育。
