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原始自然堆漚發酵，此種方法缺點比較多：
1. 發酵持續時間長，大約要在300天以上，延遲了羊糞的使用吋間，而且大量占用土地， 造成土地資源浪費；
2. 堆漚的過程中造成污染，
其氣污染.堆漚過程中，發酵期間會出現惡臭味， 一方面影響大氣質量，對周邊大 氣造成污染，另一方面影響周邊居民生活環境，危害身體健康。
其二水體污染.羊糞堆漚發酵過程中產生的各種有害病菌易隨地表水流入地下水源，造成地表水和地下水雙層污染，對工農業生產都會造成危害。
其三環境污染.堆漚過程中，促使蚊蠅滋生，傳播疾病，對人類生活特別不利。
堆肥發酵是在人工控制下，在一定的水分、c/n比和通風條件下，通過微生物的發酵作用，將有機物轉變為肥料的過程；科學地來講，堆肥發酵是依靠自然界廣泛分布的微生物，人為地將促進可生物降解的有機物向穩定的腐殖質生化轉化的微生物過程。通過堆肥發酵可使畜禽糞便、生活垃圾、作物秸稈等有機廢棄物實現穩定化、無害化，變廢為寶，將固體廢棄物中的適用組分轉換為有用物質和能源，實現資源的合理利用，可避免或減輕垃圾廢物大面積堆積，影響市容及垃圾自然、散發臭氣、傳播疾病，從而對人體和環境造成危害。
現在辦理還不太標準，產品標準也有待強化。國家盡管實行了登記證辦理制度，但辦理力度不行，不少未登記的企業或產品乃至冒充劣產品還在聲勢浩大地宣揚、出產和出售。別的，對國外產品亟待標準，有的國外產品價格太高，虛張聲勢，嚴峻損害了農人利益。
