由于蚯蚓糞中含有高達45%以上有機物和無機營養物以及植物生長激素，與其他肥料相比，具有衛生、無異味、顆粒細小均勻，吸水保水、透氣等性能還富含有益微生物，這些都是其他合成肥料所不具備的，因此可作為園林花卉、溫室大棚種植的有機肥。 它所含的吲哚乙酸、赤霉素等激素能促進植物生長；所含黃腐酸對植物（如花椒、番茄）生長量、葉面積等亦有明顯促進作用。


肥效與功能差異
1. 養分全面性
蚯蚓糞有機肥：
除氮、磷、鉀（N-P?O?-K?O 含量約 1.5%-3%）外，還含有鈣、鎂、鋅、鐵等中微量元素，以及 16-18 種氨基酸、植物激素（如赤霉素、生長素），可直接被植物吸收，促進根系發育和作物生長。
普通有機肥：
養分含量因原料不同差異較大，如畜禽糞便含氮量較高，秸稈類含鉀量較高，但中微量元素和活性物質含量較少，需配合化肥使用。
2. 土壤改良效果
蚯蚓糞有機肥：
顆粒結構形成天然的 “團粒結構”，能快速改善土壤板結，增加孔隙度，提高保水保肥能力和透氣性，尤其適合黏性土壤或鹽堿地改良。
其表面的多孔結構可吸附土壤中的重金屬和有害物質，降低土壤污染風險。
普通有機肥：
長期使用可增加土壤有機質，但改善土壤結構的速度較慢，且未腐熟的有機肥可能因發酵產熱導致土壤透氣性下降。
3. 安全性與適用性
蚯蚓糞有機肥：
屬于 “天然腐熟” 產品，無燒根風險，可直接用于育苗、盆栽或敏感作物（如蔬菜、花卉），甚至可作為種子覆蓋物。
無異味、干凈衛生，適合家庭園藝、陽臺種植或有機農業。
普通有機肥：
未充分腐熟的有機肥易燒根，使用前需堆肥腐熟（通常需 2-3 個月），且部分原料（如雞糞）含鹽量較高，長期使用可能導致土壤鹽漬化。

蚯蚓是低等動物，可作為高蛋白飼料添加劑。在養殖蚯蚓過程中，蚯蚓可將垃圾、秸稈等有機物質消化，混合土壤排泄出蚯蚓糞。蚯蚓糞是良好的腐熟有機肥料，同時也是具有團粒結構的土壤，對作物生長發育有較好的促進作用。農田中養殖一定數量的蚯蚓，可以起到更好的改土培肥作用。


蚯蚓糞含有豐富有機營養物質和礦物質。據有關測定結果，其有機物中除纖維外，還有糖、蛋白質、脂肪、腐殖酸、維生素和18種氨基酸。此外，硝態氮、銨態氮、磷、鉀等含量相當高，鐵、錳、銅、鋅、硼等植物必需的微量元素也頗為，還含有多種植物生長調節劑，如吲哚乙酸、赤霉素、細胞分裂素等。 　　
隨著人們對蚯蚓糞應用中不斷發現，蚯蚓糞不僅是蚯蚓的代謝廢棄物，其在促進作物生長、提高產量、抑制植物病害和改善土壤肥力等方面均有重要作用。


蚯蚓糞是黑褐色、均勻、有自然泥土氣味的細小顆粒，是一種生物有機肥。 蚯蚓糞特點是將有機物、微生物和有益菌合理地結合，能改善土壤現有環境，達到增肥、促生長、抗病、增產目的。
在改善土壤物理結構和肥力方面蚯蚓糞亦有重大貢獻。蚯蚓糞本身具有的團粒結構，施入土中后，在大量微生物不斷作用下，土壤可釋放出有效養分，同時增加腐殖質含量。腐殖質與鈣離子結合并與土粒凝聚成結構穩定的團粒結構，從而改善土壤的物理性狀。

蚯蚓糞顆粒小，具有多孔性，比表面積龐大，吸附能力強，可以較大程度地吸附土壤中的重金屬； 蚯蚓糞中的腐殖酸也是一種很強的吸附劑，能吸附可溶態重金屬而降低其生物有效性；蚯蚓糞中的大量微生物群本身就能與土壤中各種有機和無機膠體相互作用而對重金屬進行吸附、富集、沉淀等，從而降低重金屬的可利用性。由此可見，蚯蚓糞在修復土壤、鈍化土壤中有害重金屬方面也起到重要作用。