注意事項編輯
雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

堆肥：各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進行好氧發酵腐熟而成的一種肥料。
漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成.
廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.
沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。
綠肥：利用栽培或的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。
作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、 Ca、s等。
在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。
礦物質肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒有經過化學加工的天然物質。此類產品要通過有機認證，并嚴格按照有機標準生產才可用于有機農業。
餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
泥肥：未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。

處理方法編輯
有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。 [2]
EM堆腐法
EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合、放線菌、酵母菌和菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：
　　（1）購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。
　　（2）將人、畜糞便風干至含水量為30%~40%。
　　（3）取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨松物。
　　（4）將稻草等膨松物與糞便按重量10：100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6米、寬約1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
　　（5）在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。
　　（6）按同樣的方法，在上面再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層后，上面蓋好塑料薄膜發酵。當肥料堆內溫度升到45℃～50℃時翻動一次。一般要翻動3～4次才能完成。完成后，一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7～15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產生惡臭味。各地要根據具體條件，反復試驗、摸索才行。