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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受農喜歡。可是，在近年來生物有機肥出產經銷和實踐使用中，卻呈現了一系列亟待解決的問題，詳細如下：

看有機肥料外觀顏色，物理方法干燥的有機肥料，仍保持原糞便的顏色，只是水分減少，通過堆肥技術處理的有機肥料腐熟后顏色變為褐色或黑褐色，在成品中沒有其它雜質。 二摸：用手抓一把有機肥料，其手感一致，濕時柔軟有彈性，干時很脆，容易破碎，劣質有機肥料用手可以摸到雜質，特別是沙子。 三水泡：拿兩杯清水，分別放入一些和低劣有機肥料，幾分鐘就可分辨出真偽。有機肥料摻假一般是加入沙子或土來增加重量。有機肥料在水中分布均勻，而劣質有機肥料的杯底沉入很多沙子或土，區別明顯。

生物有機肥巧鑒別 一看包裝，是否規范。包括產品登記證、產品技術指標、產品有效期； 二看物料，是否均勻。產品含水量太高或太低均不利于菌種存活，判斷方法：抓一把肥料在陽光下觀察，陰潮呈團、干燥呈灰都非正常產品。 三看效果，是否。試驗方法：加少量水將生物有機肥調成團狀，放在冰箱里凍成冰塊，第二天拿出來融化，反復三次，肥料中的菌種將會凍死或大幅度減少；這是用它和將原產品進行比較試驗、在相同的田塊里觀察差異，差異明顯是好肥料，差異不明顯，表明該產品有問題，建議放棄使用。

堆肥：各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進行好氧發酵腐熟而成的一種肥料。
漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成.
廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.
沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。
綠肥：利用栽培或的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。
作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、 Ca、s等。
在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。
礦物質肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒有經過化學加工的天然物質。此類產品要通過有機認證，并嚴格按照有機標準生產才可用于有機農業。
餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
泥肥：未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。

有機肥真假鑒別
1.泡水法
　　取一水杯，把有機肥樣品泡在水里，然后用手把泡在水里的有機肥碾碎，攪一下能直觀的看出有機肥的原料；再放置一段時間，如果有機肥與水短時間內分層的話說明有機肥比重大，含土較多。
　　2.聞味法
　　仔細聞一下肥的味道看是否有氨味，糞便味，淤泥味，好的有機肥應該是一種腐熟的味道。
　　3.手捻法
　　取有機肥用大拇指和食指來回碾壓，如果有硌手的感覺，則里面有沙粒或其他雜質。
　　4.菌種測試法
　　取一水杯把有機肥放在里面，撒少許水（注意不要泡水，潮濕就行），放在溫暖適宜的地方，好的有機肥會抱團長出白色菌絲，掰開有機肥顆粒會看到里面也有白色菌絲。
　　5.盆栽測試法
　　取一盆花，抓把有機肥直接撒在花的根莖部，澆上水，好的有機肥會逐漸長出白色菌絲，促進植株生長，質量不合格的有機肥會熏苗，植株逐漸萎靡，直至。
　　6.對比試驗法
　　選擇好有機肥后在種植作物時，留出一部分不施用該有機肥，觀察植株的表現，好的有機肥在長勢、產量、品質上都會有明顯的效果。 [5]