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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。
有機農業中使用的有機肥需經過有機認證機構的認證，符合產品的生產標準。近些年來，我國各種生物肥料發展迅速，年產量達數十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產效果明顯和為主要特點，它的生產、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農作物產量，改善農作物品質和切實推行農業可持續發展都有積極意義。 針對生物肥料在生產、產品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農業大學高勇生教授，旨在提高農村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發展。

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來歷并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養元素完全，具有改善土壤、進步產品品質、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受農喜歡。可是，在近年來生物有機肥出產經銷和實踐使用中，卻呈現了一系列亟待解決的問題，詳細如下：

機肥、生物有機肥、復合微生物肥料、微生物菌劑”四大系列，發酵雞糞，完全腐熟雞糞，干雞糞塊為原料的產品下轄100多種產品，針對種植戶作物的微生物肥料。根據不同地區土壤和作物的情況，結合各地種植習慣和土壤、作物面臨的問題，針對性的添加不同的微生物菌群，研發出適合各種土壤、作物的肥料。公司產品完全采用畜禽糞便，通過工業化的系統操作流程加工生產的有機肥，完全符合"一號文件"提出的實施"沃土工程"和"農業生態保護"的要求，產品銷往全國各地，廣泛應用于蔬菜、果樹、大田、綠化、水產等領域，為中國農業種植產業提供了的肥料。讓獼猴桃、核桃、香蕉、橙子、栗子、茶葉、花卉、蔬菜、果樹等作物不再“金貴”，“對癥”的服務就在您的身邊

在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區，農人沒有真實知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽。

主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分廣義
俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。
主要是以供應有機物質為手段，借此來改善土壤理化性能，促進植物生長及土壤生態系統的循環。

取土化驗縣要根據不同土壤類型和作物布局，以糧食、蔬菜、果樹等作物為要點，做好取土化驗、肥效驗證實驗等基礎性作業，及時修正和完善區域上肥配方，加速測土配方上肥技能運用。增效縣還要樹立化肥減量增效演示區，發揮演示帶動效果，削減化肥運用，進步化肥利用率。