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2．制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長，和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4．減少化肥的使用量和提高作物品質使用微生物肥料后對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質的改善比產量提高好處更大。
有機肥料
有機肥料（manure） 天然有機質經微生物分解或發酵而成的一類肥料。中國又稱農家肥。其特點有：原料來源廣，數量大；養分全，含量低；肥效遲而長，須經微生物分解轉化后才能為植物所吸收；改土培肥效果好。常用的自然肥料品種有綠肥、人糞尿、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣肥和廢棄物肥料等。
根據土壤肥料養分檢測儀測定的結果我們分析得出，土壤中養分的含量和化肥的使用量，肥料是植物生長中必不可以少的營養基礎，化肥作基肥時好與腐熟的農家肥混合使用，果菜類一般需磷鉀較多，可多施磷酸二銨、磷酸二氫鉀、過等；葉菜類需氮較多，可多施尿素、、硫酸銨、碳酸氫銨等；根莖類需磷鉀肥也較多，可多施硫酸鉀、磷酸二氫鉀、多元復合肥等。
