1、可以提高土壤肥力，改善土壤結構，提高土壤的透氣性和水分利用率；

2、可以改善土壤的營養特性，促進植物的生長發育；

3、可以抑制植物病害的發生，提高植物的抗病能力；

4、可以抑制雜草生長，提高作物的產量；

5、可以抑制有害物質的釋放，減少環境污染；

6、可以提高耕地水土保持能力，增強耕地地力。

農業有機廢棄物包括農業生產產生的各類農作物秸稈，以及畜禽養殖產生的畜禽糞便等，處理難度較大，是環境治理的難題。將農業有機廢棄物畜禽糞便、秸桿等作為可利用的資源進行好氧發酵 ，不僅可以解決農業生產廢物對環境的污染問題，同時生產出來的有機肥可以帶來收益，實現了廢棄物的無害化、減量化、資源化，符合我國對環境保護和資源可持續利用的政策方針。

隨著社會的不斷進步，城市固體廢棄物中的有機物含量不斷增加，且垃圾量呈逐年遞增趨勢，如何有效地處理這些生活垃圾，是一個亟待解決的問題。目前常用的方式是填埋處理，不僅耗費大量人力物力，還存在占地等問題。而堆肥發酵是一種很好的解決辦法，利用微生物發酵對城市有機固廢進行降解，同時將堆肥產物作為肥料，一方面可以解決環境問題，另一方面又可產生經濟效益。但是，現有的堆肥發酵為垃圾自然堆肥過程，受堆肥環境影響，堆肥效率低下；同時，堆肥過程缺乏指標，無法科學系統地調控。總之，目前的堆肥技術制約了城市有機固廢的利用。

原始自然堆漚發酵，此種方法缺點比較多：
1. 發酵持續時間長，大約要在300天以上，延遲了羊糞的使用吋間，而且大量占用土地， 造成土地資源浪費；
2. 堆漚的過程中造成污染，
其氣污染.堆漚過程中，發酵期間會出現惡臭味， 一方面影響大氣質量，對周邊大 氣造成污染，另一方面影響周邊居民生活環境，危害身體健康。
其二水體污染.羊糞堆漚發酵過程中產生的各種有害病菌易隨地表水流入地下水源，造成地表水和地下水雙層污染，對工農業生產都會造成危害。
其三環境污染.堆漚過程中，促使蚊蠅滋生，傳播疾病，對人類生活特別不利。

堆肥發酵是在人工控制下，在一定的水分、c/n比和通風條件下，通過微生物的發酵作用，將有機物轉變為肥料的過程；科學地來講，堆肥發酵是依靠自然界廣泛分布的微生物，人為地將促進可生物降解的有機物向穩定的腐殖質生化轉化的微生物過程。通過堆肥發酵可使畜禽糞便、生活垃圾、作物秸稈等有機廢棄物實現穩定化、無害化，變廢為寶，將固體廢棄物中的適用組分轉換為有用物質和能源，實現資源的合理利用，可避免或減輕垃圾廢物大面積堆積，影響市容及垃圾自然、散發臭氣、傳播疾病，從而對人體和環境造成危害。

現在辦理還不太標準，產品標準也有待強化。國家盡管實行了登記證辦理制度，但辦理力度不行，不少未登記的企業或產品乃至冒充劣產品還在聲勢浩大地宣揚、出產和出售。別的，對國外產品亟待標準，有的國外產品價格太高，虛張聲勢，嚴峻損害了農人利益。