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蚯蚓糞是本身就是一種黑色、均一、有自然泥土味清香的物質，疏松、多孔的團粒性結構。具有很好的通氣性、排水性和高持水量。蚯蚓糞因有很大的表面積和膠體網狀特性，使得許多有益微生物得以生存。這種特的物理結構和膠體特性使得它有著神奇的吸附作用。
蚯蚓糞含有豐富有機營養物質和礦物質。據有關測定結果，其有機物中除纖維外，還有糖、蛋白質、脂肪、腐殖酸、維生素和18種氨基酸。此外，硝態氮、銨態氮、磷、鉀等含量相當高，鐵、錳、銅、鋅、硼等植物必需的微量元素也頗為，還含有多種植物生長調節劑，如吲哚乙酸、赤霉素、細胞分裂素等。
隨著人們對蚯蚓糞應用中不斷發現，蚯蚓糞不僅是蚯蚓的代謝廢棄物，其在促進作物生長、提高產量、抑制植物病害和改善土壤肥力等方面均有重要作用。
能改善被污染土壤和改善土壤肥力隨著工業的發展，重金屬對土壤和農作物的污染越來越嚴重。土壤中的重金屬除部分被植物吸收外，絕大部分都會長期積存在土壤中而難以消除。當有毒重金屬如鉛、鎘、砷等被農作物吸收后，便會被畜禽和人類攝入體內，給健康帶來不利影響。蚯蚓糞顆粒小，具有多孔性，比表面積龐大，吸附能力強，可以較大程度地吸附土壤中的重金屬； 蚯蚓糞中的腐殖酸也是一種很強的吸附劑，能吸附可溶態重金屬而降低其生物有效性；蚯蚓糞中的大量微生物群本身就能與土壤中各種有機和無機膠體相互作用而對重金屬進行吸附、富集、沉淀等，從而降低重金屬的可利用性。由此可見，蚯蚓糞在修復土壤、鈍化土壤中有害重金屬方面也起到重要作用。
在改善土壤物理結構和肥力方面蚯蚓糞亦有重大貢獻。蚯蚓糞本身具有的團粒結構，施入土中后，在大量微生物不斷作用下，土壤可釋放出有效養分，同時增加腐殖質含量。腐殖質與鈣離子結合并與土粒凝聚成結構穩定的團粒結構，從而改善土壤的物理性狀。
