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蚓糞中富含細菌、放線菌和真菌，這些微生物不僅使復雜物質礦化為植物易于吸收的有效物質，而且還合成一系列有生物活性的物質，如糖、氨基酸、維生素等，這些物質的產生使蚓糞具有許多特殊性質。
能改善被污染土壤和改善土壤肥力隨著工業的發展，重金屬對土壤和農作物的污染越來越嚴重。土壤中的重金屬除部分被植物吸收外，絕大部分都會長期積存在土壤中而難以消除。當有毒重金屬如鉛、鎘、砷等被農作物吸收后，便會被畜禽和人類攝入體內，給健康帶來不利影響。蚯蚓糞顆粒小，具有多孔性，比表面積龐大，吸附能力強，可以較大程度地吸附土壤中的重金屬； 蚯蚓糞中的腐殖酸也是一種很強的吸附劑，能吸附可溶態重金屬而降低其生物有效性；蚯蚓糞中的大量微生物群本身就能與土壤中各種有機和無機膠體相互作用而對重金屬進行吸附、富集、沉淀等，從而降低重金屬的可利用性。由此可見，蚯蚓糞在修復土壤、鈍化土壤中有害重金屬方面也起到重要作用。
在改善土壤物理結構和肥力方面蚯蚓糞亦有重大貢獻。蚯蚓糞本身具有的團粒結構，施入土中后，在大量微生物不斷作用下，土壤可釋放出有效養分，同時增加腐殖質含量。腐殖質與鈣離子結合并與土粒凝聚成結構穩定的團粒結構，從而改善土壤的物理性狀。
蚯蚓糞中還富含各種微生物，微生物不僅可以使復雜的物質礦化為易于植物吸收的有效營養成分，還能合成一系列有生物活性的物質，如糖、氨基酸、維生素等，這是蚯蚓糞所特有的性質。正是因為蚯蚓糞含有大量的營養物質，和微生物菌群，對植物生長有著神奇的效果，才被譽為“有機肥”。
